Zajmując się armią brandenburską w czasie "potopu" musimy przede wszystkim zdawać sobie sprawę, jak wyglądała wcześniej i jaki był cel reform wojskowych Wielkiego Elektora ? Fryderyka Wilhelma.Gdy 1 stycznia 1640 r. dwudziestoletni Fryderyk Wilhelm przejmował władzę w państwie brandenbursko-pruskim, armia, którą odziedziczył, składała się z 2 trzonów ? oddziałów obrony krajowej (pospolitego ruszenia) i wojsk najemnych. Siły te były nie tylko niewystarczające do obrony terytorium kraju ? ich lojalność również stała pod znakiem zapytania. Wielki Elektor postanowił zatem zreorganizować brandenburskąarmię. W 1644 r. Rada Państwa (Staatlich Gehaimrat) podjęła uchwałę o utworzeniu armii stałej. Jednocześnie dalej utrzymywano instytucję obrony krajowej. Rozpoczęto systematyczny werbunek i w 1646 r. armia liczyła w sumie ok. 8000 wojsk stałych i ok. 6000 milicji. System rekrutacji armii stanowił zalążek późniejszego pruskiego systemu ? szeregowców rekrutowano spośród chłopskich synów, a oficerów spośród synów szlacheckich.
W 1653 r. doszło do umowy pomiędzy elektorem a junkrami. W zamian za 530 000 na rozbudowę armii Wielki Elektor dawał junkrom niemal absolutną władzę nad chłopami w ich włościach. Ta, wydawałoby się, korzystna dla szlachty ugoda okazała się z czasem bardzo niewygodna. Dzięki funduszom, elektor rozbudował armię i zaprowadził w niej porządek. Wprowadzono surowe, acz sprawiedliwe regulaminy. Kary dla żołnierzy były drakońskie, ale jednocześnie ukrócono samowolę dowódców ? od tej pory sami mogli być przykładnie karani za znęcanie się nad podwładnymi czy niewypełnianie poleceń. Promocja za zasługi, stały i dość pewny dochód ? to wszystko podnosiło jakość armii i zmniejszało samowolę żołnierzy.
W 1655 r. utworzono Generalny Komisariat Wojenny (Generalkrieg kommissariat) odpowiedzialny za zbieranie podatków i trzymanie standardu w armii (zamawianie ubiorów a później mundurów, standaryzację uzbrojenia etc.) Tak zmodernizowana armia stała się narzędziem do egzekucji władzy przez Wielkiego Elektora. Z jej pomocą wymuszał należne podatki na miastach i szlachcie. Zwiększono ucisk fiskalny, a tych, którzy się buntowali, siłą zmuszano do płacenia Przykładowo, w 1661 r. z powodu zbyt wysokich ceł i podatków zbuntował się Królewiec. Wysłano 2000 żołnierzy, którzy szybko zmusili miasto do zapłacenia wszelkich należności. W 1674 r. Królewiec zbuntował się ponownie i tym razem potraktowano go surowiej ? żołnierzom wyznaczono kwatery w mieście. Tym samym miasto nie tylko musiało zapłacić zaległe podatki, ale też utrzymać stacjonujące w nim wojsko. Musimy jednak pamiętać, że w czasie potopu armia brandenburska wciąż przechodziła modernizację. W 1655 r. w obliczu groźby wojny zwołano pospolite ruszenie. Zwiększono też pobór i uzupełniono go o werbunek wojsk najemnych. Tak powiększona armia miała jesienią 1655 roku aż 124 kompanie, które dodatkowo wsparto korpusem generała von Sparre, przybyłym z Brandenburgii ? liczył on 4 regimenty i skwadron jazdy, a także 4 regimenty piechoty.
Armię wciąż powiększano ? poprzez nowe zaciągi (w tym wśród żołnierzy opuszczających polską służbę, przede wszystkim rajtarów i dragonów) i przerzucenie nowych jednostek z Brandenburgii. Wiosną 1656 roku armia w Prusach miałaok. 22 000 stanu etatowego ? ale w rzeczywistości tylko ok. 14 000. Pod koniec wojny cała armia brandenburska wraz z siłami garnizonowymi i artylerią liczyła ok. 25 000 żołnierzy. Istotnym problemem armii brandenburskiej były niskie stany faktyczne jednostek. Średnia liczebność kompanii w trakcie walk to 70-85 ludzi, jednak wiele źródeł wykazuje liczne kompanie mające po 20 czy 30 żołnierzy. Radzono sobie z tym problemem, likwidując niektóre kompanie i rozdzielając żołnierzy po pozostałych jednostkach danego regimentu/skwadronu. Zwłaszcza kampanie 1656 i 1657 roku w Polsce spowodowały gwałtowne obniżenie stanu wojsk, w wyniku czego likwidacji uległo kilka regimentów. Poza kampanią 1656 roku gros zgrupowań brandenburskich działających przeciw Polakom (a w 1658 i 1659 roku przeciw Szwedom) składało się w znacznej mierze z rajtarii, wspartej nieliczną dragonią. Piechota obsadzała twierdze i zamki, zwłaszcza te chroniące granicę Prus.
